rpy2をインストールする。

IPython NotebookからRを利用するためには、Rmagicという機能拡張を使えばいいとのことなのだけど、これがrpy2というライブラリを使うため、これをインストールしなくてはならない。
折角なので、今回行ったインストール手順をまとめておく。

■インストール

▼前提

Windows7で、pythonとRはインストールされているものとする。

▼RのPATHを設定しておく。

これをしないと・・・

• インストールの時に「Error: Tried to guess R's HOME but no R command in the PATH.」と、Rが見つからないよ！と怒られます。
• pythonでモジュールをimportする際に、「RuntimeError: R_HOME not defined.」とか、「RuntimeError: R_USER not defined.」とか怒られます。

スタート＞「コンピューター」を右クリック＞プロパティ＞左パネルの「システムの詳細設定」＞環境変数 を開きます。その画面で次の３つを設定。

• ユーザー環境変数のPATHを編集し、R.exeのあるbinフォルダをセミコロンで区切って末尾に追記します。つまり「;C:\Program Files\R\R-2.15.3\bin」(←僕の環境の場合)を末尾に追加する。
• システム環境変数で、以下のPATHを追加。
• 変数名「R_HOME」、変数値「C:\Program Files\R\R-2.15.3」（←僕の環境の場合）
• 変数名「R_USER」、変数値「xxxx」（xxxxはWindowsのログイン名）

▼pipでインストール

上記で環境変数を指定した後、コマンドプロンプト(*1)を開き

$pip install rpy2

と打つ。簡単！

▼pipでエラーが出る場合・・・

環境によっては、pipでインストールしようとしたら、

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.3\bin\R" CMD config --ldflags
Invalid substring

みたいなエラーが出る場合がある（*2）。

この場合は、このページの環境に合わせたバイナリ（僕の環境の場合はrpy2 2.3.9.win32 py2.7.exe）をダウンロードし、あとはダブルクリックでインストールすればよい模様（参考）。

▼確認

コマンドプロンプトなりでpythonを起動して

import rpy2.robjects as robjects

を打って、エラーとかでないと、とりあえずインストール成功！

■Rmagic

rpy2をインストールしたら、IPython NotebookでRmagicを使ってRのコマンドが使えるようになる。

使い方はココが分かりやすい。

(*1)Windows標準のコマンドプロントでもいいし、scipyスタックのanacondaを使ってる場合、「anaconda command prompt」でもいい。ただしどちらの場合も、環境変数の更新を行った場合には、プロンプトを開きなおさないと環境変数の設定変更が反映されないことに注意！（これでだいぶハマッた）

(*2) 僕の職場のPCへのインストールはこれでハマる (+_+)。